“Piloto”, episódio 1 da série, apresenta Dexter Morgan (Michael C. Hall), analista de padrões de sangue da polícia de Miami que leva uma vida aparentemente comum, mas esconde um segredo sombrio. Enquanto tenta seguir as regras criadas por seu pai adotivo, Harry, ele também se depara com um assassino que parece conhecer muito bem seus métodos.
Dexter e o início de sua vida dupla
A história começa durante a noite em Miami, quando Dexter acompanha um homem que se tornará sua primeira vítima no episódio. Mike Donovan é um pedófilo e assassino de crianças que conseguiu escapar da Justiça. Dexter o sequestra e o leva para um local isolado, onde revela que conhece seus crimes.
Depois de fazer Donovan admitir a culpa, Dexter o seda e o leva para sua tradicional sala de execução, preparada com plástico. Ele recolhe uma amostra do sangue da vítima e a guarda em uma lâmina, seguindo o ritual que mantém como registro de seus assassinatos. Em seguida, mata Donovan e se desfaz de seus restos no oceano.
O procedimento mostra que Dexter não mata indiscriminadamente. Ele segue o chamado Código de Harry, conjunto de regras criado por seu pai adotivo para ajudá-lo a controlar seus impulsos e escolher criminosos que, segundo os critérios estabelecidos, conseguiram escapar da punição.
Debra Morgan investiga um novo serial killer
De volta a Miami, nosso protagonista recebe um chamado de sua irmã, Debra Morgan (Jennifer Carpenter), policial que trabalha na divisão de narcóticos e deseja ser transferida para Homicídios. Ela o chama para uma cena no Seven Seas Motel, onde uma prostituta foi encontrada esquartejada.
O caso chama a atenção de Dexter porque não há praticamente nenhum vestígio de sangue no corpo ou no local. Além disso, a forma como a vítima foi cortada demonstra um nível de precisão que desperta sua curiosidade. Debra revela que aquela já era a terceira mulher assassinada de maneira semelhante em poucos meses.
Para ele, o criminoso possui um método incomum. A ausência de sangue, principalmente, faz com que ele enxergue naquele assassino alguém capaz de realizar procedimentos que se aproximam de suas próprias habilidades.
O misterioso assassino dos corpos sem sangue
Enquanto trabalha na Miami Metro, Dexter tenta manter a aparência de um funcionário normal. Ele leva donuts para os colegas, conversa com os policiais e utiliza seu conhecimento de análise de sangue para solucionar crimes.

Ao mesmo tempo, busca informações sobre outros criminosos que podem se tornar seus próximos alvos. Entre eles está Jamie Jaworski, um homem acusado de estupro e envolvido na morte de Jane Saunders. Como Jaworski escapou da Justiça por uma falha processual, Dexter decide investigar o caso por conta própria.
Durante sua rotina profissional, Dexter também analisa os chamados “assassinatos dos viciados em cocaína”. Sua leitura das manchas de sangue indica que a morte do homem e a da mulher ocorreram de maneiras diferentes, levando-o a suspeitar de um crime passional.
Dexter conhece melhor Rita
Fora do trabalho, Dexter mantém um relacionamento com Rita Bennett (Julie Benz), uma mulher que passou por um relacionamento abusivo. O trauma faz com que ela não esteja interessada em sexo, algo que, secretamente, deixa Dexter confortável.
Durante um encontro no festival de caranguejo de Miami, Dexter encontra outra cena envolvendo um corpo esquartejado sem sinais aparentes de sangue. Desta vez, porém, a cabeça da vítima desapareceu.
A investigação começa a revelar um padrão. Debra comenta que uma das vítimas estava extremamente fria, e Dexter levanta a possibilidade de que o assassino esteja usando um caminhão refrigerado para transportar os corpos.

O confronto com Jamie Jaworski
Depois de confirmar que Jaworski é culpado, ele decide agir. Ele sequestra o homem e o leva para uma sala preparada para seu ritual. Depois de obter a confirmação da culpa, Dexter o mata e começa a desmembrar o corpo.
O procedimento é interrompido por uma ligação de Rita, que quer encontrá-lo. Dexter promete visitá-la depois, mas algo chama sua atenção antes que possa cumprir o combinado.
Na rua, ele vê um caminhão refrigerado e decide segui-lo. A perseguição termina quando o motorista joga a cabeça da última vítima contra o carro de Dexter. O episódio deixa claro que o assassino percebeu sua presença e está deliberadamente chamando sua atenção.

O assassino do caminhão refrigerado conhece Dexter
A polícia chega ao local e começa a investigar o caminhão. Enquanto isso, LaGuerta informa a Dexter que sua análise sobre os assassinatos relacionados às drogas estava correta e que o namorado da vítima foi preso.
Dexter, entretanto, está cada vez mais interessado no misterioso assassino que esquarteja suas vítimas sem deixar sangue. Para ele, existe algo diferente naquele criminoso: não apenas a técnica, mas a intenção de ser descoberto.
Depois de ir até a casa de Rita, Dexter retorna ao próprio apartamento. É então que encontra uma mensagem ainda mais perturbadora.
Na porta de sua geladeira está presa a cabeça de uma pequena boneca. Dentro do refrigerador, Dexter encontra o restante do brinquedo, dividido em partes da mesma maneira que os corpos encontrados pela polícia.
Em vez de sentir medo ou indignação, Dexter demonstra fascínio. Pela primeira vez, alguém parece ter atravessado sua barreira de segurança e enviado uma mensagem diretamente para ele.
O episódio termina estabelecendo a principal ameaça da primeira temporada de Dexter: um assassino que parece conhecer o protagonista, compreender sua natureza e, ao contrário de suas vítimas anteriores, estar interessado em transformar Dexter em seu parceiro de um jogo macabro.